Aide pour la vérification de pedigree et le calcul de couleurs

Le programme permet de vérifier la validité d'un pedigree en ce qui concerne deux aspects :

• la cohérence des filiations avec le génotype des chats (dérivé de leur phénotype selon un modèle de gènes précisé ci-dessous) ;
• le respect des règles de mariages et des couleurs autorisés dans le cadre d'un livre d'origine donné.

Il permet également de déterminer la couleur possible des chatons issus d'un mariage donné (entre le chat de la case 2 et la chatte de la case 3).

On peut choisir le nombre de générations affiché (entre 2 et 6), la langue d'affichage (entre français ou anglais), le livre d'origine auquel on veut se limiter (LOOF ou FIFe uniquement pour le moment), et le format pour la race/couleur (noms français, noms anglais, ou codes EMS). Ces différentes options sont accessibles via le bouton "Options" situé en bas de la page, sous le pedigree.

La version actuellement proposée est une version restreinte. Voir la rubrique "restrictions".

Mode d'emploi :

Si c'est la première fois que vous utilisez ce programme, je vous conseille d'aller lire le mode d'emploi simple par l'exemple que vous trouverez ici.

Dans chacune des cases du pedigree, apparaissent un premier bouton avec un numéro, 3 champs et un bouton avec une flèche ou un C. Ces cases, selon leur contenu, la largeur d'écran que vous utiliserez, et le nombre de générations dans le pedigree, pourront apparaître sur une seule ou plusieurs lignes.

• le bouton "numéro" donne la place du chat dans le pedigree (dans la numérotation Sosa-Stradonitz utilisée pour les ancêtres en généalogie) ;
• le premier champ contient optionnellement le nom du chat (il n'est pas traité par le programme de vérification) ;
• le second champ contient le numéro E.R.o'S. du chat, si ce dernier est déjà entré dans E.R.o'S.. Une fois ce numéro affiché, en cliquant sur le bouton "numéro" dans la même case du pedigree, le programme récupère automatiquement jusqu'à 4 générations sur E.R.o'S. ;
• le troisième champ contient le phénotype du chat (race, couleur). Si le chat est dans E.R.o'S., ce champ est automatiquement récupéré. Sinon, on peut l'éditer par étapes successives, en choisissant parmi la liste de propositions et en cliquant sur le bouton ">" pour confirmer à chaque choix.
• le dernier bouton permet, soit de confirmer le choix de race/couleur afin de le valider ou de continuer à le préciser (">"), soit de recommencer le choix à zéro ("C").

Pour récupérer les données relatives à un chat qui est déjà sur E.R.o'S., il suffit de rentrer son numéro E.R.o'S. (par exemple, 501571 pour Tikky de la Chacolaterie), puis de cliquer sur son bouton "numéro". L'ensemble du pedigree (4 générations maximum) connu d'E.R.o'S. sera automatiquement récupéré et inséré dans le pedigree. Afin de ne pas surcharger la page, seuls les noms des chats (sans affixe) seront affichés.

Pour entrer un chat qui n'est pas sur E.R.o'S., il faut choisir son phénotype. On procède par choix successifs parmi les possibilités offertes (qui sont restreintes à celles permises dans le livre d'origine choisi, par exemple les abyssins red, cream et tortie ne seront pas proposés si l'on a choisi FIFe, alors qu'ils le seront si l'on a choisi LOOF). Après chaque choix, il faut le valider en cliquant sur le bouton ">". Le programme n'utilisant aucun script en local, la page est régénérée à chaque clic de bouton. Pour accélerer les choses, lorsqu'il y a plusieurs chats à remplir "à la main" dans le pedigree, on peut effectuer les choix de plusieurs cases, puis cliquer sur ">" dans une d'elles, ce qui validera l'ensemble des choix faits (par exemple, choisir "somali" partout, puis choisir les couleurs).

Modèle génétique sous-jacent :

Le modèle génétique mis en oeuvre dans ce programme est entièrement tabulé, et pourra ainsi évoluer facilement par introduction de nouveaux gènes ou allèles, ou par révision du modèle choisi.

Voici une liste des locus et allèles actuellement pris en considération.

Locus portant des gènes considérés comme mendéléiens contrôlant la couleur et les dessins de la robe:

• locus A (A: agouti dominant sur a: non agouti)
• locus B (B: black dominant sur b: chocolat dominant sur bl: cinnamon)
• locus C (C: couleur pleine dominant sur cb: phase burmese et sur cs: colourpoint, dominants sur ca: albinos aux yeux bleux)
• locus D (D: non dilué dominant sur d: dilué)
• locus I (I: inhibiteur de pigmentation rendant les bandes claires argentées dominant sur i: pas d'inhibition)
• locus S (S: taches blanches dominant sur s: pas de taches blanches)
• locus W (W: blanc épistatique dominant sur w: pas tout blanc)
• locus XO sur le chromosome X (O: orange dominant sur o: non orange), non représenté sur le chromosome homologue Y
• locus Ta (Ta: tabby tiqueté épistatique sur Mc, et dominant sur ta: pas tabby tiqueté)
• locus Mc (Mc: mackerel tabby dominant sur mc: tabby blotched)

Locus portant des gènes considérés comme mendéléiens contrôlant l'aspect du pelage:

• locus L (L: poil court dominant sur l: poil long ou mi-long)
• locus Hr (Hr: avec poils dominant sur hr: sans poils)
• locus R (R: pelage non cornish rex dominant sur r: pelage cornish rex)
• locus Re (Re: pelage non devon rex dominant sur re: pelage devon rex)
• locus Se (Se: pelage selkirk rex dominant sur se: pelage non selkirk rex)
• locus Wh (Wh: pelage wirehair dominant sur wh: pelage non wirehair)

Locus portant des gènes considérés comme mendéléiens contrôlant d'autres aspects de la morphologie:

• locus Fd (Fd: oreilles repliées vers l'avant dominant sur fd: oreilles non repliées). L'homozygotie FdFd cause de graves anomalies d'ossature lorsqu'elle n'est pas léthale.
• locus Cu (Cu: oreilles recourbées vers l'arrière dominant sur cu: oreilles non recourbées)
• locus M (M: pas de queue dominant sur m: présence de queue). L'homozytotie MM cause de graves anomalies d'ossature lorsqu'elle n'est pas léthale.

Bien d'autres gènes sont à l'étude pour expliquer la transmission génétique d'autres caractéristiques. Parmi eux, citons Wb ("wideband"), qui selon certains auteurs contrôlerait de manière dominante le fait que les bandes agouti soient très élargies, voire repoussent la couleur tout au bout du poil comme chez les chinchillas ou goldens. Je préfère pour le moment considérer cette transmission comme non purement mendéléienne, donc résultant de l'effet de plusieurs locus ("polygènes"). Il est également question d'un locus séparé pour les chats tachetés ("spotted"), où l'allèle Sp, dominant, aurait pour effet de briser le dessin de base (mackerel ou blotched) en taches séparées. Quant à la couleur, le gène Dm qui donnerait les chats caramel n'est pas non plus pris en compte.

Restrictions de la version actuelle :

Seuls les abyssins et somalis sont traités dans cette version du programme. Une version plus complète avec d'autres races est en cours de développement.

On ne vérifie pas le sexe des chats importés d'E.R.o'S., ainsi un chat male rentré dans une case de femelle sera considéré comme une femelle sans vérification, et réciproquement. Ce point sera amélioré dans une version future.

Les rares chats tortie qui ne sont pas des femelles (par exemple chats XXY, ou chats "mosaïque") ou les chats affectés du syndrome de Turner (chats X), souvent stériles d'ailleurs, ne sont pas pris en compte (le programme considère que tout mâle est XY et toute femelle XX).

Evolutions par rapport aux versions précédentes:

{8.8.2007] Le fait qu'un même chat apparaisse plusieurs fois dans un pedigree est maintenant totalement exploité. Par exemple, si un chat lièvre (B-) croisé avec un sorrel (bl bl) donne un chaton chocolat (b bl), et qu'ailleurs dans le pedigree ce même chat (qui est donc B b) soit croisé avec un lièvre porteur sorrel (B bl), et que des chatons de cette portée soient déclarés sorrel (bl bl), le programme vous indiquera l'incohérence. Deux chats apparaissant dans le pedigree sont considérés le même individu s'ils portent le même nom (que ce dernier soit hérité d'une importation E.R.o'S. ou entré à la main).

Base de données E.R.o'S. (Electronic Register of Somalis) :

Cette base de données, entièrement accessible sur Internet à l'adresse https://biotaxis.fr/eros/, contient des informations sur plusieurs dizaines de milliers d'abyssins et de somalis du monde entier. On peut ainsi y consulter les pedigrees que beaucoup d'éleveurs ou passionnés y ont rentré, voire remonter sur plusieurs dizaines de générations jusqu'à certains fondateurs de la race.

Numérotation Sosa-Stradonitz :

Cette méthode de numérotation d'une ascendance, bien connue des généalogistes, consiste à affecter la personne dont on dessine l'ascendance (ici, le chat dont on montre le pedigree) du numéro 1 (on appelle cette personne le "de cujus"), puis à affecter son père du numéro 2, sa mère du numéro 3, etc.,
On suit toujours la règle suivante: le père d'un individu portant le numéro n portera le numéro 2n, et sa mère portera le numéro 2n+1.

Par exemple, le grand-père maternel du numéro 1 (étant le père du numéro 3) portera le numéro 6.